Organisée comme une association, Expo.02 constitue l’Association Exposition Nationale au sein de laquelle ont été représentés la Confédération, les cinq cantons Expo.02 (Berne, Fribourg, Jura, Neuchâtel et Vaud) ainsi que les quatre communes-sièges (Biel-Bienne, Murten-Morat, Neuchâtel et Yverdon-les-Bains).

La direction d’Expo.02 était compose de l’Assemblée Générale, du Comité Directeur et de la Direction Générale.

Les fonctions stratégiques ont été regroupées au siège d’Expo.02 à Neuchâtel.